Les dépôts du Musée conservent plus de 1.300.000 pièces provenant surtout du territoire frioulan. Une bonne partie d’entre eux font partie de collections historiques de grand intérêt, d’autres constituent des collections ouvertes à des accroissements continus de recherches ou d’acquisitions. 

Le patrimoine est organisé en cinq sections:

- Botanique (234.823 trouvailles)

- Géo-Paléontologie (127.163 objets)

- Minéralogie et Pétrographie (13.000 objets)

- Paléontologie et Anthropologie (225.201 découvertes)

- Zoologique (20.460 Vertébrés et 691.441 Invertébrés)

Le Musée dispose également d’une Bibliothèque spécialisée et d’une Médiathèque (85.498 titres et 22.000 images)