Les plus de  100.000 échantillons  qui forment actuellement la section géopaléontologique sont divisés en deux grandes collections : la collection générale et la collection frioulane. Cette dernière est la plus importante et la plus riche, grâce aussi aux conditions géologiques complexes du territoire frioulan.

Parmi les collections historiques qui ont survécu jusqu’à nos jours, on peut citer la collection Zuccheri de poissons de Bolca, la collection Cabassi (400 fossiles représentatifs de l’Éocène moyen de Noax et Corne de Rosazzo) et la collection Gortani de fossiles de Carinthie.

La partie la plus importante du point de vue scientifique est celle du  Trias  supérieur dont proviennent les restes des plus anciens reptiles volants découverts jusqu’à présent dans le monde. Ces niveaux ont rendu une faune très riche aux vertébrés, principalement des poissons mais aussi des reptiles terrestres, ainsi que des crustacés, des végétaux et des invertébrés rares mais importants, dont une minuscule araignée.  

Légèrement plus anciens les dépôts toujours avec des vertébrés de Raibl, Fusea et Dogna.

A noter aussi la riche collection d’ ammonoïdes triaxiques, les faune crétacée et surtout les paléozoïques.

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