La Section Botanique rassemble dans des collections à la fois historiques et ouvertes environ 235.000 reperti, parmi les champignons, les algues, les bryophytes et les phanérophytes.

Les collections Sguazzin, Muschi generali, Muschi friulano, Muschi morassi abritent d’importantes pièces de briofite. En ce qui concerne les champignons, il convient de mentionner les collections de Fornaciari, Della Torre, Morassi-Corgnali-Gortani.

Les fanérophytes occupent une place privilégiée dans la Section Botanique, avec environ 165.000 spécimens d’herbier, grâce aussi au travail novateur de Giulio Andrea Pirona, auteur de la première flore frioulane en 1855 (Florae Forojuliensis syllabus)Son herbier est lié à ça. Son travail a lancé une longue tradition de recherches sur les phanérophytes qui ont contribué à l’augmentation des herbiers dans les années suivantes. Quelques exemples sont:
- herbiers Morassi (5000 feuilles),
- herbiers Comelli (3000 feuilles),
- herbiers Pirona (2000 feuilles),
- herbier historique de Luigi et Michele Gortani (30000 objets recueillis lors de leurs explorations au Frioul),
- herbiers Forojuliense (45000 feuilles de soleils frioulans),
- herbiers Martini (30000 feuilles),
- herbiers Cecconelli, Tonussi et Paiero (de saules uniquement).

Une révision minutieuse, la réorganisation du matériel et la numérisation des données ont été menées ces dernières années par un personnel spécialisé, permettant une meilleure utilisation de la collection par les chercheurs.