Die Botanische Abteilung sammelt in historischen und offenen Sammlungen rund 235.000 Funde, darunter Pilze, Algen, Briofites und Fanerophyten. 

Wichtige Funde von Briofite gehören zu den Kollektionen Sguazzin, Muschi generali, Muschi friulano, Muschi Morassi. Was die Pilze betrifft, sollten die Sammlungen von Fornaciari, Della Torre, Morassi-Corgnali-Gortani erwähnt werden.

Die Fanerophyten nehmen einen privilegierten Platz in der Botanischen Abteilung ein, mit etwa 165.000 Herbariumproben, auch dank der Pionierarbeit von Giulio Andrea Pirona, Autor der ersten friaulischen Flora im Jahr 1855 (Florae Forojensis syllabus)Damit ist sein wichtiges Herbarium verbunden. Seine Arbeit führte zu einer langen Tradition der Erforschung von Fanerophyten, die in den folgenden Jahren zum Wachstum der Herbarien beitrugen. Einige Beispiele sind:
- Morassi Herbarien (5000 Blatt),
- Herbarien Comelli (3000 Blatt),
- Pirona Herbarium (2000 Blatt),
- historisches Herbarium von Luigi und Michele Gortani (30.000 Funde, die bei ihren Forschungen im Friaul gesammelt wurden),
- Forojuliense Herbarien (45.000 Blätter nur friaulischer Funde),
- Herbarii Martini (30.000 Blatt),
- Herbarien Cecconelli, Tonussi und Paiero (nur Weiden).

Eine gründliche Überprüfung, Sortierung und Digitalisierung der Daten wurde in den letzten Jahren von Fachpersonal durchgeführt, was eine bessere Nutzbarkeit der Sammlung für Wissenschaftler ermöglicht.