La Sezione Botanica raccoglie in collezioni sia storiche sia aperte circa 235.000 reperti, fra funghi, alghe, briofite e fanerofite. 

Importanti reperti di briofite rientrano nelle collezioni Sguazzin, Muschi generali, Muschi friulano, Muschi Morassi. Per quanto riguarda i funghi merita menzionare le raccolte di Fornaciari, Della Torre, Morassi-Corgnali-Gortani.

Le fanerofite occupano un posto di privilegio nella Sezione Botanica, con circa 165.000 campioni d’erbario, grazie anche al lavoro pioneristico di Giulio Andrea Pirona, autore della prima flora friulana nel 1855 (Florae Forojuliensis syllabus), a cui è collegato il suo importante erbario. Il suo lavoro diede l’avvio a una lunga tradizione di ricerche sulle fanerofite che contribuirono all’incremento degli erbari negli anni seguenti. Alcuni esempi sono:
- erbari Morassi (5000 fogli),
- erbari Comelli (3000 fogli),
- erbari Pirona (2000 fogli),
- erbario storico di Luigi e Michele Gortani (30.000 reperti raccolti durante le loro esplorazioni in Friuli),
- erbari Forojuliense (45.000 fogli di soli reperti friulani),
- erbari Martini (30.000 fogli),
- erbari Cecconelli, Tonussi e Paiero (di soli salici).

Un’accurata revisione, riordino del materiale e digitalizzazione dei dati sono stati portati avanti in questi ultimi anni da personale specializzato, permettendo una migliore fruibilità della collezione da parte degli studiosi.