I depositi del Museo custodiscono oltre 1.300.000 reperti provenienti soprattutto dal territorio friulano. Una buona parte di essi fa parte di collezioni storiche di grande interesse, altri costituiscono raccolte aperte a continui incrementi esito di ricerche o di acquisizioni.
Il patrimonio è organizzato in cinque sezioni:
- Botanica (234.823 reperti)
- Geo-Paleontologica (127.163 reperti)
- Mineralogica e Petrografica (13.000 reperti)
- Paletnologica e Antropologica (225.201 reperti)
- Zoologica (20.460 Vertebrati e 691.441 Invertebrati)
Il Museo è dotato inoltre di una Biblioteca specializzata e di una Mediateca (85.498 titoli e 22.000 immagini)