La collezione di Vertebrati, con oltre
20.000 reperti, comprende sia esemplari naturalizzati, sia preparati in liquido. La collezione è suddivisa in cinque raccolte costituite da:
- Pesci, Anfibi e Rettili (conservati per lo più in liquido),
- Uccelli e Mammiferi (preparati soprattutto a secco).
Si tratta di esemplari provenienti prevalentemente dal territorio regionale, che derivano da ricerche o donazioni di Enti o di privati. Tra le collezioni storiche risultano particolarmente importanti le raccolte ornitologiche di G. Vallon e L. Colussi.
Il reperto più iconico e significativo sotto il profilo storico è senza dubbio la testa dell’elefante africano che fu abbattuto in Kenya nel 1939 da Italo Balbo e poi donato al Museo.